Gedung Dr. Cipto Mangun Kusumo terdiri atas :
Lantai 1:
a. Perpustakaan yang memiliki fasilitas ruang baca, perpustakaan elektronik (UPN Medical e-library) yang dilengkapi dengan WiFi/ hotspot, layanan internet, perpustakaan konvensional. Perpustakaan buka tiap hari kerja dari Senin sampai Jumat mulai pukul 08.00-16.00 WIB
b. Laboratorium komputer sebagai sarana pendukung (Program Research) yang dilengkapi dengan 150 buah komputer yang tersambung internet.
c. Laboratory activity: Departemen Histologi dan Departemen Patologi Anatomi.
Lantai 2:
a. ruang tutorial terdiri dari enam belas ruang diskusi kelompok yang masing- masing memiliki fasilitas 1 meja besar dengan 12 tempat duduk dilengkapi dengan monitor LCD, pendingin ruangan, whiteboard, flipchart dan satu lemari perpustakaan mini. Ruangan ini dipakai untuk penyelenggaraan proses belajar-mengajar yang memerlukan diskusi kelompok kecil dan masing-masing ruang diskusi dilengkapi dengan kamera monitor (CCTV).
b. Ruang tutor meeting merangkap ruang monitor pelaksanaan tutorial dilengkapi Audio Visual Aid (AVA) sebagai tempat observasi proses belajar- mengajar melalui monitor TV dari kamera dan tempat menyimpan sebagian peralatan AVA.
Lantai 3:
a. Skills lab atau laboratorium keterampilan klinik memiliki 10 ruang coaching yang jika disekat dapat menjadi 20 ruang station untuk ujian OSCE (Objective Structure Clinical Examination). Masing-masing ruang coaching dilengkapi satu set perlengkapan ruang praktek dokter.
b. Ruang Introduction terdiri dari dua ruangan meliputi ruang intro A dan Intro B, yang mampu memuat 75 - 100 orang mahasiswa.
c. Gudang yang berisi mannequin untuk melatih keterampilan mahasiswa, misalnya injeksi, pemasangan kateter pria dan wanita, pemasangan infus, tindakan resusitasi jantung paru dan sebagainya yang merupakan keterampilan yang mutlak harus dikuasai dengan baik mahasiswa kedokteran sesuai dengan tingkat kompetensi 4 pada Standar Kompetensi Dokter Indonesia.
d. Satu ruang administrasi skills lab dan satu ruang instruktur.
e. Mushola
Lantai 4:
a. Dua ruang kuliah (ruang lecture A dan B) berkapasitas ± 190 tempat duduk yang semuanya dilengkapi dengan fasilitas pendingin ruangan, LCD dengan laptop, dan sound system.
b. Satu ruang seminar dengan sarana lengkap yang masing-masing berkapasitas ± 40 tempat duduk.
c. Satu Hall sebagai ruangan pelengkap perluasan pada ruang lecture B.
d. Satu ruang Transit Dosen.